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| Fig. 1.  Zea mais var. Indurata | 
En la práctica una especie se  distingue de otra  por diferencias cualitativas o cuantitativas en  color, forma, tamaño y  otros caracteres de sus órganos: hojas, flores,  frutos, otros. Como  estas características pueden ser afectadas por el  ambiente, hay que  determinar si las diferencias morfológicas son  transitorias o  hereditarias. Para esto último es fundamental conocer el  sistema  reproductivo de la especie. Como se mencionó antes, las  poblaciones de  propagación vegetativa tienen un fenotipo constante,  si se exceptúa las mutaciones  de yema. Ello hace que las  diferencias específicas no sean difíciles  de establecer en especies como  yuca, agaves, ñames, pero debe  recordarse que potencialmente todas  ellas son capaces de reproducción  sexual.
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| Fig. 2 Pisum sativum L. | 
La  diferenciación fenotípica en base a  caracteres, que se aplica en la  práctica en la mayoría de las especies,  es un criterio que a futuro  puede conducir a determinaciones dudosas. Un  concepto más generalizado  actualmente es considerar como pertenecientes  a la misma especie a los  individuos o poblaciones que no presentan  barreras de esterilidad, es  decir que produzcan cruzas fértiles. Es un  enfoque experimental que  puede aplicarse fácilmente en cultivos anuales,  pero que tiene serias  limitaciones prácticas, especialmente en cultivos  perennes. Requiere  además, conocer si  existe  incompatibilidad entre  poblaciones muy afines, y reconocer que en  ciertos grupos, como los  cítricos, cruzas fértiles se pueden obtener  entre especies muy  diferentes.
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| Fig. 3 Triticum vulgare L. | 
Otros métodos auxiliares son el estudio del  número y estructura de los cromosomas, la aplicación de electroforesis,  que permite comparar la  composición química entre plantas individuales  o poblaciones para  determinar su afinidad genética, o análisis  estadísticos que determinan  la relación entre poblaciones y especies.