Especies y poblaciones
Las  especies de plantas, cultivadas o silvestres, se componen de  poblaciones distintas entre sí, formadas por individuos en los cuales el  conjunto de sus características aparentes o 
fenotipo,  es el resultado de la interacción de fuerzas hereditarias y  ambientales. Las poblaciones pueden formarse por pocos o muchos  individuos que al reproducirse pasan a su descendencia el conjunto de  genes,
 genotipo, que determina la continuidad de la población y de la especie.
 
La uniformidad de la descendencia depende, sin embargo del sistema de reproducción; el intercambio de genes  puede dar, en los cultivos de fertilización cruzada, una descendencia  heterogénea en que cada individuo puede ser de naturaleza heterocigota, mientras que en las especies completamente autofértiles la descendencia se forma teóricamente de individuos homocigotos.
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| Polinización cruzada | 
Los sistemas reproductivos  no son estáticos; pueden ser afectados por condiciones ambientales y  cambiar si se producen nuevos genotipos adaptados a condiciones  distintas del ambiente en que se originó la especie. Así, los
 tomates primitivos, son de 
fertilización cruzada en su área de dispersión natural; los 
cultivados autofértiles en las áreas de cultivo comercial.
 
Una especie cultivada puede estar formada por poblaciones exclusivamente cultivadas, como en el caso del maíz; cultivadas y semi-cultivadas, como el café arábico; cultivadas, semi-cultivadas, silvestres y malezas como el sorgo. Puede haber dentro de ellas una amplia variación fenotípica o pueden ser muy homogéneas en su apariencia.
De  las 3 000 ó más especies que el hombre cultiva y que son reconocibles  por sus características fenotípicas, hay para las más difundidas de  ellas términos que las identifican en los idiomas principales. Pero su  identificación científica y el uso de nombres técnicos a menudo  presentan problemas tanto en la delimitación de lo que se considera una  especie como en la aplicación del nombre científico que le corresponde.
 
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| Gingo biloba: un fósil viviente | 
En la clasificación de plantas cultivadas o silvestres la unidad básica es la especie.
 La categoría superior es el género o conjunto de especies; los géneros se agrupan en familias, éstas en órdenes y los órdenes en clases; el conjunto de clases forma la división. Como categorías inferiores a la especie están las sub-especies, variedades (cultivares en plantas cultivadas) y formas. 
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| Chiles o ajíes | 
Estas categorías, o "
taxa",  son conceptos a menudo difíciles de definir y aplicar. Como en la  Naturaleza lo que existe son poblaciones de plantas en continua  evolución, es de esperar que a menudo no haya acuerdo entre los  especialistas en la definición de una "especie". 
En el siglo pasado los chiles o ajíes (Capsicum spp.)  cultivados eran considerados como distribuidos en 60 especies; hace  unos 50 años un especialista propuso que había solo una, y actualmente  se admite que hay cuatro o cinco especies válidas. 
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| Cacao | 
Las variedades cultivadas de cacao  se agrupaban hace unas décadas en tres "especies" que se distinguían  principalmente por la forma del fruto; ahora se admite que hay una sola  especie. Varias razas geográficas de 
café robusta  fueron descritas como especies separadas; si se siembran juntas el  producto de sus recombinaciones da toda clase de tipos intermedios, por  lo que se consideran como una sola especie.
 
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| Papa: variedades nativas | 
Puede  ocurrir también el caso opuesto, o sea que poblaciones que se considera  que forman una sola especie tienen que ser separadas en varias. 
Tal es  el caso de las papas cultivadas, que hasta hace algún tiempo se agrupaban todas en Solanum tuberosum.  Estudios citogenéticos y de otra naturaleza probaron que había más de  una especie, pero no hay acuerdo en el número de ellas, algunos  especialistas sostienen que son 18; otros cuatro con tres híbridos  ínterespecíficos; otros una especie y dos híbridos.